对战由先攻玩家的回合开始，自己的回合和对手的回合轮流交替进行，直到分出胜负。
双方玩家在自己的回合可进行的操作
1
- 从自己的牌库上方抽取1张卡牌。
-
注：若自己的牌库中没有卡牌，则视作自己对战败北。
2
- 自由选择可执行的操作。
- a.将1张能量卡附着于自己的宝可梦身上。
b.将手牌中的基础宝可梦放于备战区。
c.使用训练家卡。
d.进化宝可梦。
e.使用宝可梦特性。
f.将战斗宝可梦“撤退”至备战区。
3
- 回合结束。
- a.当自己的战斗宝可梦使用了招式后，则自己的回合结束。
b.一般情况下，先攻玩家的首回合不可使用招式。
c.如果无法使用招式，或者不想使用招式，直接告知对手回合结束，即代表自己的回合结束。
在自己的回合要进行的操作
1
- 从自己的牌库上方抽取1张卡牌
- 每次轮到自己的回合，都必须首先从自己的牌库上方，在不看正面的前提下抽取1张卡牌。
2
- 将1张能量卡附着于自己的宝可梦身上
- 绝大多数的宝可梦招式要使用都需要宝可梦身上附有相应的能量。若自己的手牌中有能量卡，则可将能量卡附着于宝可梦身上，但一回合只能附着1张。
附着哪种属性的能量，以及附着于哪只宝可梦身上都由玩家决定。
3
- 使用训练家卡
- 在自己的回合可以使用训练家卡。使用时，需要将要使用的训练家卡给对手查看并表明使用之意后再执行卡面上的效果。一般情况下，使用完的训练家卡要放于弃牌区。
注2：先攻玩家的首回合无法使用支援者卡。
4
- 进行宝可梦进化
- 若手牌中有从场上的宝可梦进化而来的宝可梦，则在自己的回合可将该进化卡使出，放于场上的宝可梦身上进行进化。
5
- 使用宝可梦的特性
- 有些宝可梦拥有特性。在自己的回合，可以选择使用宝可梦的特性。若要使用宝可梦的特性，需向对手表达使用之意，并仔细阅读特性的说明文后执行特性效果。
6
- 对战斗宝可梦使用【撤退】
- 在自己的回合可有1次机会，对战斗宝可梦使用【撤退】，将其与备战宝可梦互换。
注：撤退时需将附着于战斗宝可梦身上的，相应个数的撤退所需能量放于弃牌区后才可进行撤退。若备战区中没有宝可梦，则无法进行撤退。
撤退到备战区后，宝可梦身上剩余的能量，以及原本放置的伤害指示物都保留，但是特殊状态和身上附加的效果都消除。
撤退所需能量不限属性。
招式的使用方法
使用招式所需能量
要使用如下幼基拉斯的“沙沫”，则其身上必须附有1个斗能量。
而要使用幼基拉斯的“突刺”，则其身上只需附着任意2个能量即可。
要使用如下阿罗拉穿山鼠的“乱抓”，则不需要附有能量。
使用招式后
使用了招式后，则给对手宝可梦造成相应的伤害，或执行对应的招式效果。把相应伤害数值的伤害指示物放于对手的宝可梦身上。
如上图所示，幼基拉斯对敲音猴使出了“沙沫”后，会造成10点伤害。所以需要将1个“10”的伤害指示物放置于敲音猴身上。
弱点和抗性
受到来自自己弱点属性的宝可梦的招式伤害时，其伤害数值会倍增。
受到来自自己抗性属性的宝可梦的招式伤害时，其招式伤害会减少相应数值。
例如：如下这只爱管侍。它的弱点为恶，抗性为斗。
当这只爱管侍受到来自恶属性的阿柏蛇的招式“尾鞭”时，其伤害会变为2倍。所以需要将6个“10”的伤害指示物，或1个“50”的伤害指示物加上1个“10”的伤害指示物放置于爱管侍身上。
而当这只爱管侍受到来自斗属性的伽勒尔葱游兵的招式“突刺”时，其伤害将会减少30。所以只需要将1个“10”的伤害指示物放置于爱管侍身上即可。
计算伤害的方式
・招式伤害的计算
请依照招式右方的数字以及说明文字，计算招式的伤害数值。
・（使用招式的宝可梦）身上附加的影响伤害数值的效果的计算
若使用招式的宝可梦身上放有宝可梦道具、因为训练家卡的效果、上一个自己的回合以及上一个对手的回合的宝可梦的招式的效果而影响到伤害数值的，则在此时计算。
・弱点的计算
受到伤害的宝可梦的弱点属性若与使用招式的宝可梦属性相同，则伤害倍增。
・抗性的计算
受到伤害的宝可梦的抗性属性若与使用招式的宝可梦属性相同，则伤害减少相应数值。
・（受到伤害的宝可梦）身上附加的影响伤害数值的效果的计算
若受到伤害的宝可梦身上放有宝可梦道具、因为训练家卡的效果、上一个自己的回合以及上一个对手的回合的宝可梦的招式的效果而影响伤害数值的，则在此时计算。